論文翻譯之PubChem化學搜索引擎

化學搜索引擎

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2004年開張的 PubChem 是專門針對查詢化學分子與生物活性的搜索引擎,系統由隸屬美國國立衛生研究院(NIH)的國家生物技術資訊中心(NCBI)維護,擁有上百萬組化學結構和相關文字資料,並可免費經由FTP下載。

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從網頁編排便可得知,PubChem主要有Compound、Substance、BioAssay3種資料庫:

  • Compound包含結構已知且少於1000個原子和1000個化學鍵的小分子化合物
  • Substance除了純化合物外,還包含混合物、萃取物、絡合物以及結構未定的物質
  • BioAssay包含1644項高通量篩選計畫的生物活性數據

PubChem除了有與PubMed相似的文字搜索功能,還提供多種符合化學研究者需求的貼心搜索功能,例如化學結構、名稱片段、化學式、分子量、脂水分配係數、氫鍵給體和受體數等,除此之外,還可線上畫結構或片段來作搜尋,並有CID, SMILES, InChI系統可輸入和輸出所有常用化學檔案格式。

而每筆搜尋結果包含同義字、化學特性、化學結構、生物活性、相關化學結構、其他NCBI數據庫(例如PubMed)的網頁連結等有用資訊。

PubChem目前是化學界學者熟知的美國化學學會(ACS)化學文摘服務搜索系統(cas.org)的最大競爭對手。

參考資料:

  1. PubChem化學文獻搜索引擎
  2. Wikipedia: PubChem

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